Återstarten
Återstarten av flickfotboll i Malmö FF tog sin formella början med ett årsmötesbeslut 2016. Beslutet innebar att Malmö FF skulle återuppbygga en flickverksamhet genom att bygga underifrån med fotbollsskolan som bas. Tanken var att flickor som börjar i fotbollsskolan skulle bilda lag vid nio–tio års ålder, på samma sätt som på pojksidan, och att fler och fler lag därefter skulle tillkomma efterhand som spelarna blir äldre.
Ambitionen var att attrahera ett stort antal flickor till fotbollsskolan och att lag i tioårsåldern skulle kunna startas efter bara något år. Marknadsföringen av fotbollsskolan utökades och intensifierades. Kampanjerna nådde ut på bred front och antalet barn som skrevs in i fotbollsskolan ökade markant. Ökningen handlade emellertid i första hand om en betydande uppgång i tillströmningen av pojkar. Första året tillkom endast ett mindre antal flickor. Inför 2018 var det glädjande nog så att fler flickor anmäldes och en renodlad flickträningsgrupp kunde skapas. Förhoppningen var att denna grupp skulle komma att utgöra basen för ett första flicklag och att vi skulle få ytterligare tillskott av flickor året efter.
I början av 2019 stod det klart att ambitionerna inte hade infriats. Antalet flickor i fotbollsskolan var mindre än året före, vilket inte alls var i linje med planen. På det konstituerande styrelsemötet i början av mars analyserade styrelse och ledning situationen. Mötet konstaterade att den inslagna vägen inte hade gett önskat resultat och att möjliga alternativa vägar behövde utvärderas och därefter genomföras. Styrelsen beslutade därför dels att analysera hur utvecklingen på flicksidan skulle kunna påskyndas, dels att analysera förutsättningarna för att Malmö FF skulle starta ett nytt seniorlag på damsidan och ta fram en plan för ändamålet. I stället för att bygga underifrån skulle den nya dam- och flickverksamheten även byggas uppifrån med ett seniorlag som grund. Analysen mynnade ut i att medlemmarna senast vid nästa årsmöte skulle föreläggas förslaget om att återstarta ett damlag.

En tid efter att analysarbetet för att starta ett nytt damlag och öka rekryteringen av flickor hade inletts hörde LB07 av sig till Malmö FF. De framförde förslaget att LB07:s damlag och ungdomsverksamhet skulle föras över till Malmö FF samt att ett samarbetsavtal om talangutveckling skulle tecknas mellan Malmö FF och det kvarvarande herrlaget i LB07. Förslaget utreddes under sommaren. Fördelarna skulle vara en snabbare etablering av dam- och flickverksamhet, en generell breddning av ungdomsverksamheten med fler spelare och lag och möjlighet till förbättrad spelarutveckling på seniornivå genom utlåning till en samarbetsförening. Den stora nackdelen var att införlivandet av LB07:s damlag i Malmö FF skulle innebära en otillbörlig genväg till en högre division och därmed kringgå den sportsliga rättvisan.
För att möjliggöra nystarten av damlaget redan under säsongen 2020 utlystes ett extra årsmöte till november 2019. Mötet föregicks av ett par månaders debatt och diskussion. Årsmötet hade att ta ställning till två förslag från styrelsen. Det första förslaget var att återinföra ett damlag i Malmö FF. Under förutsättning att årsmötet beslutade att återinföra ett damlag handlade det andra förslaget om formen skulle ske genom att ta över LB07:s damlag och ungdomsverksamhet. Årsmötet beslutade nära nog enhälligt att återinföra ett damlag i Malmö FF. Därefter förkastade årsmötet med stor marginal förslaget att LB07:s damlag skulle föras över till Malmö FF.
Inför det extra årsmötet hade planer utarbetats för hur skapandet av ett damlag praktiskt skulle genomföras oavsett vilken av formerna årsmötet beslutade enligt. Arbetet med att starta det nya damlaget påbörjades omedelbart efter beslutet utifrån den plan som hade tagits fram för alternativet att starta i den lägsta divisionen. Laget anmäldes genast till Skånes Fotbollförbund. Ansökan om att tilldelas den vakanta plats som återfanns i division 4 sydvästra Skåne inför säsongen 2020 beviljades. Fredrik Jahnfors anställdes som huvudtränare och kompletterades inom kort med en stab runt honom. Elva dagar efter årsmötet anordnades en provträning som 130 intresserade anmälde sig till. Av dessa valdes 18 spelare ut för att forma den första truppen i det nystartade laget. Därefter tillkom ytterligare några spelare under vintern.

2020
Damlagets första verksamhetsår kom att präglas av virussjukdomen covid-19 och de långtgående begränsningar av samhällslivet som följde för att motverka smittspridningen. Innan covid-19 nådde Sverige hann tävlingssäsongen inledas med spel i Distriktsmästerskapet. I gruppspelet blev Malmö FF klara segrare, men det efterföljande slutspelet fick ställas in och därmed försvann ett av de stora målen för säsongen. Om laget hade avancerat tillräckligt långt i Distriktsmästerskapet skulle det ha inneburit spel i Svenska cupen året efter, vilket hade medfört en intressant möjlighet att mäta krafterna med lag från högre divisioner.
Även seriespelet i division 4 sköts fram. De lokala serierna genomfördes i enkelmöten på hösten. Malmö FF vann samtliga matcher i serien och flyttades därmed upp i division 3 inför säsongen 2021. Målskillnaden på de tio seriematcherna var 139–0.
De pionjärer som utgjorde spelartruppen under den första säsongen var Emma Svensson, Helena Ivarsson, Beatrice Andersson (senare Närhi), Elin Björklund, Josefine Carlsson, Johanna Fredriksson, Saga Fredriksson, Ida Hansson, Lovisa Wifvesson, Martina Sutalo, Malin Gunnarsson, Rebecka Holm, Cornelia Lindgren, Annelie Nilsson, Stina Stadig, Caroline Williamsdotter, Emelie Erlandsson, Madeleine Hejde, Anna Hellsten, Elvira Ramel, Andréa Sjögren och Melina Skarström.
På flicksidan anordnades träningar för flickor i åldern 11–14 år som ville börja spela i Malmö FF. Fokus lades på dessa åldersgrupper därför att det fanns flest aktiva spelare där. På så sätt ökade chansen att få en stabil grund för våra lag och dessutom skulle övergångar till Malmö FF göra så lite skada som möjligt på andra klubbars lag. Gensvaret blev stort. Efter några intensiva dagars provträning erbjöds ett femtiotal flickor plats i våra lag. Det blev ett lag för 14-åringar, ett lag för 13-åringar och ett samlat lag för 11- och 12-åringar.
Glädjande nog förelåg ett stort intresse för att bli ledare för flicklagen. En grupp kvalificerade tränare kunde rekryteras och i kombination med den stora entusiasmen bland spelarna skapade de snabbt en god träningsmiljö. Flicklagen följde redan från början samma utvecklingsplan som pojklagen i form av Den himmelsblå vägen med samma resurser och förutsättningar.

2021
Efter det framgångsrika första året var huvudmålet under det andra året att vinna division 3 och avancera vidare genom seriesystemet. Truppen var i det närmaste intakt inför den nya säsongen. Under året anslöt ett antal nya spelare, bland annat Amanda Kander och Ida Lyberg.
Även under 2021 påverkade covid-19 säsongen i hög grad. Arbetet med att motverka smittspridning gjorde att träning i grupp inledningsvis inte alls tilläts. När träning åter blev möjlig var det först endast tillåtet att träna i smågrupper. Seriespelet i de lägre divisionerna sköts fram och startade först i början av juni. Olyckligtvis gjorde restriktionerna i samhället även att Distriktsmästerskapet ställdes in och med det försvann möjligheten att kvala in till Svenska cupen 2022.
När division 3 sydvästra Skåne väl kom i gång var Malmö FF:s slagkraftiga lag överlägsna de andra lagen i serien. Det blev vinst i samtliga matcher för andra året i rad med den samlade målskillnaden 158–3 och därmed en ny serieseger. Laget flyttades upp i division 2 till säsongen 2022.
På flicksidan växte antalet lag från tre till fem. Provspel för intresserade flickor anordnades på nytt och även den här gången blev gensvaret stort. Det kan noteras att sju flickor från ungdomslagen deltog i A-lagsmatcher under året. Julia Cavander representerade Sveriges F06-landslag och blev Malmö FF:s första landslagsspelare på flicksidan sedan återstarten av verksamheten.

2022
Inför säsongen förstärktes ledarstaben med en extra assisterande tränare i form av Maxim Khalil. Några nya spelare tillkom i truppen. De som skulle göra sig mest bemärkta framåt var Linnea Svensson, Anna Plantin och Petronella Winblad. Sju av de spelare som påbörjade resan i division 4 lämnade truppen av olika skäl.
Huvudmålet för säsongen var att vinna division 2 södra Götaland och avancera vidare genom seriesystemet. Målet att vinna serien infriades med stor marginal. För tredje året i rad vann Malmö FF samtliga matcher. På grund av en serieomläggning innebar seriesegern inte automatisk uppflyttning utan det krävdes seger i ett kvalspel mot vinnarna av division 2 sydvästra Götaland, Åhus IF. Kvalet avgjordes i form av ett dubbelmöte som inleddes på bortaplan. Malmö FF tog kommandot direkt i den första matchen och vann med 6–0. Den efterföljande hemmamatchen slutade 4–0 och avancemanget till division 1 var ett faktum.
I Distriktsmästerskapet blev det idel segrar på väg fram till finalen. I kvartsfinalen togs en meriterande seger mot Södra Sandby IF som vid den här tidpunkten spelade i Elitettan. Finalen mot FC Rosengård 1917, som är FC Rosengårds andralag, slutade oavgjort efter full tid men med förlust efter straffsparksläggning. Avancemanget till final gjorde att Malmö FF blev ett av de lag från Skånes lägre divisioner som fick möjlighet att spela i Svenska cupen under 2023.
På flicksidan växte verksamheten organiskt. Netto tillkom ett lag genom att alla befintliga spelare blev ett år äldre och att ett nytt lag startade i den yngsta åldersgruppen. Fem av föreningens spelare representerade svenska ungdomslandslag på flicksidan.

2023
Inför året i division 1 gjordes bedömningen att satsningen behövde utvecklas ytterligare ett par steg. Ledarstaben genomgick ett par viktiga förändringar. Fredrik Jahnfors övergick från att vara huvudtränare till att bli assisterande tränare eftersom hans civila arbete inte gick att kombinera med den ökande tidsinsatsen. Den tidigare assisterande tränaren Maxim Khalil övertog rollen som huvudtränare. Den senare fick även rollen som assisterande sportchef på damsidan, vilket gjorde att organisationen på damsidan speglade den på herrsidan med en assisterande sportchef under sportchef Daniel Andersson.
Även spelartruppen förstärktes. En blandning av spelare med erfarenhet av spel på högre nivåer och unga lovande spelare med potential anslöt. Här återfanns Sarah Mellouk, Agnes Mårtensson, Julia Welin, Erica Persson Welin, Thelma Persson Welin och Linnéa Hagberg. Två spelare från de egna leden flyttades upp i A-truppen. Samtidigt lämnade åtta spelare, varav de flesta hade varit med från starten i division 4. Under sommaren kom även Nova Rolfsson.
Den serieomläggning som gjordes inför året medförde att antalet serier på division 1-nivå minskades från sex till tre. Syftet var att spetsa till seriepyramiden och att öka kvaliteten och konkurrensen på den här nivån. Det var därför med ett lite större mått av osäkerhet som laget tog sig an den inledande bortamatchen mot IFK Göteborg där Malmö FF efter underläge vände och vann med 3–1. Det visade sig därefter att det här året skulle följa samma mönster som de föregående. Året i division 1 södra blev en ny stor framgång där Malmö FF vann samtliga matcher och vann serien med hela 24 poängs marginal. Seriesegern innebar avancemang till Elitettan, den näst högsta serien på damsidan.
För att nå gruppspel i Svenska cupen skulle det krävas vinst i tre kvalomgångar, men dessvärre blev det förlust i andra omgången mot Trelleborgs FF, ett topplag i Elitettan. Året bjöd även på den första titeln för det nystartade damlaget. I distriktsmästerskapet blev det finalseger på Eleda Stadion mot Eskilsminne IF. De som spelade i denna historiska final var Julia Cavander, Beatrice Närhi (tidigare Andersson), Erica Persson Welin, Malin Gunnarsson, Rebecka Holm, Madeleine Hejde, Agnes Mårtensson, Amanda Kander, Nova Rolfsson, Petronella Winblad, Sarah Mellouk, Cornelia Lindgren, Melina Skarström, Thelma Persson Welin, Anna Plantin och Anna Welin.
Antalet flicklag växte ytterligare och uppgick till åtta lag. Ett viktigt samarbetsavtal ingicks med den nybildade föreningen Malmö FF Akademi med syftet att ge flickorna i de äldsta åldersgrupperna möjlighet att spela seniorfotboll för bättre matchning och utveckling. Spelarna i det äldsta flicklaget lånades ut till Malmö FF Akademi och spelade för denna förening i division 4 sydöstra Skåne där det blev serieseger och uppflyttning. Antalet flickor i ungdomslandslagen fördubblades och uppgick till tio spelare.

2024
Efter fyra raka seriesegrar utan poängförlust återstod en serie, Elitettan, innan målet om att så snabbt som möjligt nå Damallsvenskan var uppfyllt. Ju högre upp i seriesystemet ett lag kommer, desto större blir utmaningen och därmed också kraven på lag som aspirerar på att vara med i toppen.
Ledarstaben genomgick ett antal viktiga förändringar inför säsongen. Maxim Khalil lämnade uppdraget som huvudtränare för att helt koncentrera sig på rollen som assisterande sportchef på damsidan. Kim Björkegren, med SM-guld och tränarerfarenhet från fyra länder, rekryterades som ny huvudtränare. Samarbetet fungerade emellertid inte som planerat och redan före seriestarten gjordes en överenskommelse om att avsluta hans uppdrag. Jonas Valfridsson, som hade anställts som assisterande tränare men som hade flera års erfarenhet som huvudtränare i Damallsvenskan och Elitettan, flyttades upp som huvudtränare. Även i övrigt hade ledarstaben breddats efterhand som laget avancerade genom serierna och i staben ingick assisterande tränare, målvaktstränare, fystränare, medicinsk personal och idrottspsykolog.
Spelarna blev i praktiken halvprofessionella. Flera meriterade spelare tillkom i truppen. Några hade flera års erfarenhet av spel på allsvensk nivå, medan andra var yngre talangfulla spelare som hämtades från miljöer där de redan hade hunnit visa prov på sin talang. Av dessa skulle ytterbackarna Nathalie Hoff Persson och Sofia Wännerdahl, mittbacken Sanna Kullberg, mittfältaren Matilda Kristell och de offensiva spelarna Ema Paljevic och Beatrice Persson bli ordinarie under året. På grund av en målvaktsskada lånades danska Kathrine Larsen in under hela säsongen. En spelare flyttades upp från de egna leden. En del spelare som hade varit med sedan starten i division 4 lämnade föreningen under vintern. Därutöver valde Erica Persson Welin och Thelma Persson Welin att byta klubb. Sarah Mellouk lånades ut eftersom hon skulle slutföra sin utbildning på annan ort.

Efter raden med idel segrar under de första fyra åren inleddes året i Elitettan med ett antal missräkningar. Hemmapremiären mot Umeå IK slutade med förlust 0–4. Nästa match, borta mot IFK Kalmar, blev mållös. Den första vinsten kom i tredje matchen men den följdes av en andra förlust i omgången efter. Men efter den trevande starten fann laget ett vägvinnande spel och vårsäsongen fullföljdes med åtta segrar och en oavgjord match där den sistnämna kom på hemmaplan mot toppkonkurrenten Alingsås IF. Vid vårsäsongens slut låg Malmö FF på tredje plats.
Under sommarens transferfönster förstärktes laget ytterligare. Bland annat anlände Malmöfostrade mittfältaren Nellie Lilja och den rutinerade mittfältaren Mia Persson. Samtidigt lämnade några spelare. Vissa gick över till andra klubbar, medan andra valde att avsluta karriären.
Höstsäsongen genomfördes i stor stil. Av de tretton matcherna slutade tolv med seger. Andraplatsen i serien och därmed uppflyttning till Allsvenskan säkrades när tre omgångar återstod genom en 2–0-vinst på bortaplan mot Örebro SK efter mål av Beatrice Persson och den unga lovande anfallaren Alexia Mitkovska. Det blev även serieseger för femte året i rad efter vinst i avslutningsmatchen, som tillika var seriefinal, med 4–0 på bortaplan mot Alingsås IF. Även målsättningen att nå gruppspel i Svenska cupen uppnåddes genom vinster i cupens andra och tredje omgång.
I och med avancemanget till Elitettan var Malmö FF för första gången del av den certifiering av ungdomsverksamheten på flicksidan som genomförs varje år av Elitfotboll Dam för klubbarna i Damallsvenskan och Elitettan. Trots att flickverksamheten bara var inne på sitt femte år uppnådde Malmö FF näst högsta nivå i certifieringen och rankades som näst bästa ungdomsklubb i Sverige för flickor. Antalet landslagsspelare på flicksidan ökade ännu en gång och uppgick till 13 spelare.
Samarbetsavtalet med föreningen Malmö FF Akademi löpte vidare. Malmö FF Akademi, vars lag bestod av flickor utlånade från Malmö FF, spelade i division 3 sydvästra Skåne och slutade på tredje plats.