2005-
2005. Malmö FF:s femtonde SM-guld 2004 blir kulmen på en fem år lång resa tillbaka till toppen efter degraderingen hösten 1999. Nu tar klubben sats för nästa avstamp: mot förankring i den absoluta toppen och mot Europa. Men det vill sig inte. Markus Rosenberg återvänder som allsvensk skyttekung bara för att snart försvinna till proffslivet, medan nyckelspelarna Patrik Andersson och Niklas Skoog går skadade och sommarens förstärkningar inte hinner sätta sin prägel på laget. MFF vinner aldrig tre matcher på rad och ligger med fem omgångar kvar av Allsvenskan åtta poäng efter Djurgården. Utsikten att försvara guldet är avlägsen, men gruppspelet i Champions League är inom räckhåll. MFF slår ut Maccabi Haifa i första kvalomgången och lottas mot schweiziska FC Thun i den andra och sista, men när 1-1 hemma följs upp av en neslig 3-0-förlust borta är chansen borta. I UEFA-cupen besegrar MFF turkiska Besiktas med uddamålet borta, för att falla stort (1-4) hemma. Därmed är fyra tränarår med Tom Prahl till ända. I årets slutskede ett stort beslut för framtiden: en enhällig kommunstyrelse ge klartecken till en ny, renodlad fotbollsarena i Malmö.
2006. Malmö FF laddar om och anställer Sören Åkeby som tränare. Sören går in med ambitionen att reformera MFF enligt Djurgårdens framgångsrika 4-3-3-formel – men det vill sig inte riktigt. Spelarna är skeptiska och efter en handfull matcher sker en återgång till 4-4-2; dessutom stör många skador under hela året. Säsongens mest minnevärda period blir de tre raka segrarna över Halmstad, Helsingborg och Djurgården då Jari Litmanen får en kort men vacker sen blomning i laget. Därefter fortsätter en knagglig färd genom året som inte ens den dynamiska höstduon på topp, Junior och Jonatan Johansson, med sina 19 mål tillsammans kan leda till en bättre slutdestination än en sjundeplats.
2007. 2007 blir framför allt året då Malmö FF:s nya hemvist tar steget från dröm, skriv- och ritbord ut i verkligheten: den 23 april sker första spadtaget för Swedbank Stadion, och innan året är slut har de första betongpelarna och läktargradängerna kommit på plats. På fotbollsplanen är tiderna mindre strålande. Under Åkebys andra säsong gör MFF en hygglig vårhalva av serien, och har i en rekordjämn Allsvenska toppen inom räckhåll också från en niondeplats med fem omgångar kvar. Men istället för att hitta formen på slutet tar MFF tvärstopp, förlorar fyra av de fem sista matcherna, blir kvar på den där niondeplatsen och slutar därmed för första gången under 2000-talet på nedre halvan av tabellen. När A-laget sviker för tredje året i rad är det MFF:s P16-lag som håller den ljusblå fanan högt genom att ta SM-guld och gå genom sin pojkallsvenska serie utan att tappa ett enda poäng.
2008. Roland Nilsson och Hans Gren tar över som tränare, och inleder ett uttalat mer långsiktigt arbete med laget. Återskapa lagandan, slussa in unga spelare och föra ungdomsverksamheten närmare A-laget blir viktiga utgångspunkter. Efter en stabil och förtroendeingivande inledning av serien hamnar laget mitt i sommaren i en formsvacka som, underblåst av skador, blir både lång och djup. Vid septembers utgång är kvalplatsen efter fyra raka förluster inte helt utom räckhåll – men då vänder det. Med ett rakare spel, Ola Toivonen tillbaka i vårens fina form och Edward Ofere i målstim avslutar MFF serien med sex raka utan förlust och fem segrar. 2008 är det stora byggåret för Swedbank Stadion, från det att takkonstruktionen börjar monteras i februari till att de ljusblå stolarna börjar sättas på plats i december. 2008 är också året då MFF genomför stora organisationsförändringar: styrelsen tar ett steg tillbaka från föreningens dagliga verksamhet och klubbens förste vd Pelle Svensson övertar den operativa ledningen för en klubb som växer så det knakar.